A Szcientológia Egyház egy vallási szervezet formáját vette fel, ami különálló vallási tevékenységek sokaságát egyesíti és hozza összhangba, többek között a Szcientológia vallási szolgáltatásainak és gyakorlatainak biztosítását, terjesztést, egyházi vezetést, kommunikációtovábbítást, a terjesztési anyagok létrehozását, és sok más feladatot. Így a Szcientológia vallási közössége a közös meggyőződések és gyakorlatok által is egyesül, valamint a szervezeti forma speciálisan a vallási küldetésének megfelelően van felépítve.
Ezen hierarchia alacsonyabb szintjein állnak a területi lelkészek, a Szcientológia vallási csoportok és az Egyházi missziók, amelyek kezdő auditálás és képzés szolgáltatásával foglalkoznak. Magasabb szinten nagyobb Egyházi szervezetek találhatóak, amelyek az auditálással és képzéssel kapcsolatos vallási szolgáltatások haladó szintjeit teszik elérhetővé.
Egy nemzetközi egyházi vezetés öleli fel összes egyházat. A Nemzetközi Szcientológia Egyházzal kezdődően, egészen a bizonyos földrajzi zónákért felelős Kontinentális Összekötő Irodákig, a vezetés támogatási és koordinációs feladatokat lát el, és azon dolgozik, hogy a Dianetika és Szcientológia szellemi technológiája mindenki számára elérhető legyen, aki csak nyitott rá, valamint hogy a Szcientológia szolgáltatásokat pontosan úgy alkalmazzák, ahogyan azt L. Ron Hubbard lefektette.
Mivel a Szcientológia írásai megkövetelik, hogy a vallási gyakorlatokat ortodox módon szolgáltassák, a hierarchikus felépítés segít biztosítani, hogy az egyes egyházak megkapják az ehhez szükséges támogatást és útmutatást. Ezáltal minden szcientológus biztos lehet benne, hogy ortodox vallásos szolgáltatást kap a világ összes Egyházában.
Minden egyes Szcientológia egyház külön bejegyezett szervezet, és mindegyiket saját igazgatótestülete irányítja. Emellett tisztviselők és igazgatók alkotják az egyházi vezetést, akik teljes felelősséggel tartoznak az egyháztagoknak és a környező közösségeknek nyújtott szolgáltatásokért is.
